Клиринговый центр обеспечивает проведение взаиморасчетов между транспортными операторами, включенными в платежную систему, с целью своевременного получения ими оплаты проезда за каждого перевезенного пассажира независимо от места и времени зачисления средств на карту пассажира. Это относится и к компенсационным выплатам за пассажиров льготных категорий. Взаиморасчеты проводятся на основании отчетных данных, получаемых от процессингового центра. Процессинговый и клиринговый центры совместно с платежными средствами и системой их распространения представляют собой современную транспортную платежную систему.